پس از آن که شرکت تعاونی منحل شد، بلافاصله باید موضوع انحلال آن ثبت گردد و برابر قانون تجارت در مورد تصفیه آن اقدام شود.تصفیه عبارت است از انجام امور مربوط به شرکت یا اتحادیه تعاونی منحل شده به شرح ذیل :
- خاتمه دادن به کارهای جاری؛
- اجرای تعهدات موجود ؛
- وصول مطالبات ؛
- تعیین بدهی ها ؛
- تقسیم دارایی.
لازم به ذکر است که هر گاه انحلال شرکت با تصمیم مجمع عمومی فوق العاده برابر ضوابط مربوط انجام گرفته باشد، و یا این که وزارت تعاون در حدود صلاحیت قانونی خود رای به انحلال آن داده باشد، ظرف مدت یک ماه سه نفر را جهت تصفیه امور تعاونی تعیین و به اداره ثبت محل معرفی خواهد نمود تا برابر ضوابط و مقررات مربوط در مورد تصفیه تعاونی اقدام لازم را به عمل آورند.
اما در مواردی که انحلال شرکت تعاونی به جهات دیگری صورت گرفته باشد، تصفیه آن و نحوه تصفیه برابر قانون تجارت است .

    نکات حائز اهمیت راجع به هیئت تصفیه در تعاونی ها :

- هیئت تصفیه مرکب از سه نفر است که آن ها را مجمع عمومی فوق العاده یا وزارت تعاون که تصمیم به انحلال شرکت یا اتحادیه تعاونی می گیرد، تعیین می کند.
- اعضای هیئت تصفیه باید به مرجع ثبت شرکت ها معرفی شوند انتخاب و معرفی آن ها باید ظرف یک ماه از تاریخ انحلال تعاونی صورت گیرد.
- هرگونه تغییر در سمت و امضاهای اعضای هیئت تصفیه باید پس از تصویب هیئت تصفیه به مرجع ثبت شرکت جهت ثبت ارسال و نسخه ای نیز به وزارت تعاون تسلیم شود.
- مدت ماموریت هیئت تصفیه نباید از دو سال تجاوز کند . اگر تا پایان ماموریت، کار تصفیه خاتمه نیابد، هیئت تصفیه باید با ذکر علل و دلایل خاتمه نیافتن تصفیه امور، مهلت اضافی لازم برای خاتمه دادن به امر تصفیه و تدابیر مورد نظر برای پایان دادن به امر تصفیه را از مرجعی که وی را تعیین کرده است خواستار شود.
- مرجعی که هیئت تصفیه یا هر یک از اعضای آن را تعیین کرده است، می تواند آن را عزل کند.
- در صورت فوت، استعفا یا ممنوعیت قانونی اعضای هیئت تصفیه، مجمع عمومی شرکت یا اتحادیه تعاونی باید ظرف یک ماه برای تعیین جانشین اقدام کند؛ در غیر این صورت وزارت تعاون می تواند پس از پایان مهلت مذکور راساَ جانشین را تعیین کند. در هر دو حال باید عضو یا اعضای جانشین به مرجع ثبت شرکت معرفی شوند.
- تا زمانی که عضو یا اعضای جانشین تعیین و به مرجع ثبت شرکت یا اتحادیه معرفی نشده اند، عضو یا اعضای مستعفی هیئت تصفیه همچنان مکلف به انجام وظیفه خود می باشند.
- در مدت تصفیه هر گاه تشکیل مجمع عمومی شرکت یا اتحادیه تعاونی در حال تصفیه لازم باشد، دعوت آن بر عهده هیئت تصفیه است. مقررات مربوط به دعوت و تشکیل مجمع، مانند زمان قبل از انحلال است.
- اعضای هیئت تصفیه می توانند کارمزد دریافت کنند.
- تعیین کارمزد اعضای هیئت تصفیه منتخب مجمع عمومی فوق العاده بر عهده همان مجمع است. وزارت تعاون، در صورتی که مجمع مذکور کارمزد اعضای هیئت تصفیه را تعیین نکرده باشد و نیز در مورد کارمزد هیئت تصفیه ای که خود تعیین کرده است، راساَ اقدام می کند. کارمزد مذکور از اموال تعاونی در حال تصفیه پرداخت می شود.
- مادام که کار نصفیه خاتمه نیافته است، هیئت تصفیه باید همه ساله مجمع عمومی عادی تعاونی را با رعایت شرایط و تشریفاتی که در قانون و اساسنامه پیش بینی شده است، دعوت کند و صورت دارایی ، ترازنامه و حساب سود و زیان و عملیات خود را به ضمیمه گزارشی حاکی از اعمالی که تا آن موقع انجام داده است ، به مجمع عمومی مذکور تسلیم کند. هر گاه مجمع عمومی دو بار با رعایت شرایط و تشریفات مقرر دعوت شده ولی تشکیل نشود یا اینکه تشکیل شود ولی نتواند تصمیم بگیرد، هیئت تصفیه باید گزارش خود و صورت حساب های مذکور را به طریقی که در اساسنامه تعاونی پیش بینی شده است به اطلاع اعضا برساند.
- هیئت تصفیه و هر یک از اعضای آن می توانند استعفا دهند.
- دفاتر و اسناد مدارک شرکت یا اتحادیه تعاونی تصفیه شده باید تا ده سال از تاریخ اعلام ختم تصفیه محفوظ بماند، به این منظور هیئت تصفیه باید مقارن اعلام ختم تصفیه به مرجع ثبت مربوط، دفاتر و اسناد و مدارک را نیز به مرجع ثبت تحویل دهد تا در آنجا نگهداری شود و برای مراجعه اشخاص ذی نفع در دسترس باشد.